قام قريبه "يوشي-ناكا" بطرد عشيرة الـ"تائيرا" من العاصمة الإمبراطورية "كيوتو" سنة 1183 م. بعدما قامت قوات الأخير بأعمال تخريبية في المدينة، تدخل "يوريتومو" وشقيقه "ميناموتو نو يوشي-تسونه" وقاموا بالقضاء على قواته. شكل "يوريتومو" حكومة مستقلة في "كاماكورا" (بقي الإمبراطور يحكم صوريا في العاصمة "كيوتو")، اعترف البلاط الإمبراطوري بسلطة هذه الحكومة. تشكلت أثناء هذه القترة طبقات اجتماعية جديدة لم يعهدها المجتمع الياباني من قبل، كان من أهمها المحاربين أو الـ"ساموراي". سنة 1185 م قامت قوات "ميناموتو نو يوريتومو" يقودها شقيقه "يوشي-تسونه" بالقضاء على شوكة عشيرة الـ"تائيرا" نهائيا بعد دحر قواتها في معركة "دان نو أورا" البحرية. تسببت نجاحات "يوشي-تسونه" المتتالية في إشغال غيرة أخيه عليه، قرر الأخير وبمساعدة من الإمبراطور مطاردته، ضيق الخناق عليه وأصبحت قوات الجيش تطلبه أينما حل في البلاد، انتهى أمر "يوشي-تسونه"  بأن قرر الانتحار طواعية عام 1189 م.

تمسك "يوريتومو" بمقره في "كاماكورا"، ورغم كونه السيد الأول على البلاد بلا منازع، لم يبلغ به الطمع يوما إلى أن يفكر في اعتلاء العرش الإمبراطوري، فضل  أن يخلع على نفسه لقب "شوغون" (将軍) سنة 1192 م. يعتبر هذا اللقب اختصارا للقب آخر هو "سيئي-تائي-شوغون" (征夷大将軍) و يمكن ترجمته بـ"قائد الذين يحاربون البرابرة" نسبة إلى الحملات التي شنها البلاط قبل قرون في جزيرة "هوكايدو" ضد السكان المحليين أو "البرابرة".

أصبحت له شرعية أكبر في البلاد، وصار بإمكانه قمع أي حركة تمرد مادام يحكم باسم الإمبراطور. بعد وفاته سنة 1199 م، استمرت عشيرة الـ"ميناموتو" في حكم حكم البلاد حتى 1219 م، حل محلهم بعدها عشيرة الـ"هوجو" (من أخوال الـ"ميناموتو") والذين فرضوا بدورهم نظام الوصاية على الـ"شوغونات" الذين تعاقبوا، استمر الحال على هذا حتى سنة 1333 م. أصبح نظام حكم الـ"شوغانات" الذي أرسى دعائمه "ميناموتو نو يوريتومو"، السائد في اليابان، وظل العمل به حتى عهد "استعراش مييجي" سنة 1868 م.